Durante a batalha que ocorreu em Hogwarts no dia 2 de Maio de 1998, muitas mudanças aconteceram, não apenas na estrutura mas na organização da escola. Na parte física houveram mudanças de várias formas, começando pela entrada do castelo.
Os antigos javalis que ladeavam os portões do castelo em sua construção original agora ficavam no chão ao lado dos pilares. Em cima dos pilares dos portões do castelo ficavam dois hipogrifos e entalhados nos pilares - que já não tinha mais nenhum espaço livre – os nomes de todos os que lutaram na batalha do castelo. Ainda bem que os pilares eram grandes. Em dourado ficavam os nomes do que tinham morrido e em prateado os que haviam sobrevivido a batalha. Os mesmos nomes estavam entalhados nas grandes portas de carvalho na entrada do castelo. Esse foi um pedido particular da diretora da época, Minerva Mcgonnagal, para honrar todos os presentes.
A Sala dos Professores que antes era apenas uma sala para relaxar no tempo livre, se tornou uma linda sala com quartos para todos os professores da escola. Localizada no quarto andar, sua entrada foi modificada, removendo as antigas gárgulas que guardavam a porta. Agora a entrada possui uma pintura dos quatro fundadores de Hogwarts do tamanho de uma porta. O quadro mostra os fundadores em uma sala confortável fazendo suas tarefas favoritas ou apenas conversando. Ao avistar um professor, o representante da casa da qual o professor pertenceu lhe cumprimenta e faz o quadro deslizar para o lado, revelando uma passagem secreta.
Logo atras da mesma pintura, na parede falsa, existe a continuação da sala, permitindo que os fundadores apareçam para avisar caso alguém esteja a porta, esperando para falar com um dos professores. Para emergências, há um terceiro e um quarto quadro, porem menores: Um no quarto do vice diretor e o outro nos aposentos do próprio diretor. Sendo apenas um quadro para informar recados urgentes, tem a aparência de um quadro de retrato, possuindo apenas uma poltrona para seu ocupante se sentar. Todos os quatro quadros foram magicamente modificados para que seus ocupantes pudessem transitar apenas por eles, não recebendo visitas de quadros vizinhos ou saindo para outros do castelo. Segundo a antiga diretora Minerva Mcgonagall, isso foi devido aos abandonos de Salazar Slytherin do quadro para outros bem longe, onde arranjava brigas, discussões e confusões em geral.
A sala foi ampliada para que a antiga, que era longa e cheia de mobília, se tornasse mais aconchegante e abrigasse treze quartos, sendo o principal do Vice Diretor da escola e os do diretor em seu próprio escritório. A sala principal acaba em um arco, onde começa o pequeno corredor que dá acesso aos treze quartos. A última porta no fim do corredor sendo a do Vice Diretor de Hogwarts. Cada quarto contém uma placa com o nome e matéria que seu ocupante leciona na escola.
Esse espaço para os professores foi criado com o intuito de acomodar melhor seus habitantes durante o ano letivo. Antigamente alguns professores ficavam em quartos que eram na verdade uma ante câmara das salas de aula mas era adaptada para acomodar o professor. Como nem todas as salas era possível acomodar uma pessoa confortavelmente, este espaço foi criado na reforma após a batalha de Hogwarts.
Antigamente o quarto andar abrigava uma passagem para Hogsmeade mas Harry Potter ajudou a lacrar ela com o mapa do maroto durante as modificações em Hogwarts, assim dando espaço exclusivamente para a sala comunal e dormitório dos professores. Uma passagem, porém, foi instalada: Um armário sumidouro foi instalado na sala dos professores, fazendo par com a da sala do diretor. Ambos foram presos as suas respectivas salas com magia para que não pudessem ser removidos e utilizados para invadir outros locais como aconteceu na batalha de Hogwarts.
Nota: Apenas o diretor, vice diretor e os Professores tem conhecimento do armário.
Na parte de organização, os elfos domésticos tiveram importante impacto na batalha, sendo liderados pelo elfo Kreatcher que pertencia a Harry Potter. Após a batalha, os elfos começaram a tomar consciência de sua situação. Foram anos de conversas, convencendo aos poucos o mundo bruxo de que a escravidão não era necessária e que isso só nos tornavam cada vez mais medievais, em meio a um mundo que não parava de evoluir. A frente de tudo isso estava Hermione Granger Weasley, que desde seu tempo de Hogwarts lutava pelo F.A.L.E. (Fundação de Apoio à Libertação dos Elfos-Domésticos(em inglês S.P.E.W (the Society for the Promotion of Elfish Welfare))) procurando fazer com que os alunos tomassem consciência sobre a escravidão que os Elfos sofriam.
Finalmente depois de muitos anos, em 2023, após muitas reuniões e cartas com o Ministro da Magia Kingsley Shacklebolt, e uma pequena ajuda da parte do próprio Ministro, conseguiram convencer 80% do mundo bruxo de que a escravidão deveria ser erradicada no mundo bruxo. Com a maioria da população aceitando a mudança, a batalha foi ganha.
Leis foram criadas e todas são controladas pelo Instituto Dobby de proteção aos Elfos Domésticos. Agora eles poderiam trabalhar, recebendo um salário mínimo de 3 galeões por mês. Recebem "ordens" mas segundo as leis novas, os bruxos que pedirem algo para um elfo deve ser de igual para igual, nunca maltratando, xingando ou até mesmo batendo e punindo. Os elfos são livre e trabalham por que querem, e não por que são impostos ao trabalho.
Os aposentos dos elfos de Hogwarts é similar a um dormitório de acampamento. Por serem muitos e pequenos, o local é um grande quarto com lareira e ventilação mágica, já que fica embaixo da cozinha, magicamente criado. Várias beliches ficam enfileiradas, do tamanho certo para os elfos, sendo equipadas de um bom colchão, travesseiros fofos e roupa de cama completa para as quatro estações.
Também ainda na parte de organização, as aulas foram modificadas para agrupar todos os alunos do mesmo ano. Como oscilava o número de alunos nas casas, foi decidido que não haveria divisão por turmas e sim por anos. Agora os alunos de um mesmo ano teriam as aulas juntos para melhorar a interação entre os alunos, procurando assim deixar a competição das casas mais saudável e menos agressiva.
Hogwarts por áreas:
Terrenos: Casa do Game Keeper, Campo de Quadribol, Floresta Proibida, Salgueiro Lutador, Portões de Hogwarts, cerca dos Hipogrifos, Estufas de Herbologia, Aula de Voo, Círculo de Pedra e Ponte Coberta.
Masmorras: Sala de Poções, Sala do Zelador, Sala Comunal da Sonserina, e uma sala vazia.
Nível Térreo: Hall de Entrada, Salão Principal Cozinha, Sala comunal da Lufa - Lufa, Pátio Pavimentado, Passadeira e Arco de ouro e Salão de Duelos.
Primeiro Andar: Sala de História da Magia, Sala de Transfiguração, Ponte de Pedra, Pátio de Transfiguração, Entrada da Passadeira.
Segundo Andar: Sala de Feitiços, banheiro da Murta-Que-Geme e Entrada para a Câmara Secreta, localizada na pia do banheiro da Murta.
Terceiro Andar: Sala de Defesa Contra as Artes das Trevas, Sala dos Troféus, Ponte Suspensa, biblioteca e o Corredor Escuro. Uma passagem atrás de uma tapeçaria no começo do corredor escuro tem fim atras de uma estátua no segundo andar ao lado da porta do banheiro da murta-Que-Geme.
Quarto Andar: Sala comunal e dormitório dos professores
Quinto Andar: Sala e Banheiro dos Monitores, Topo da Torre do Relógio, e Sala de Estudo dos Trouxas.
Sexto Andar: Sala de Aritmancia, Sala de Runas Antigas e a Sala Comunal da Corvinal.
Sétimo Andar: Sala Comunal da Grifinória, Entrada para o gabinete do Diretor, Sala Precisa, Sala de Adivinhação, Torre de Astronomia.